Ближайшим поводом для организации Русского общества охранения народного здравия была борьба с эпидемиями. В России свирепствовали эпидемии сыпного и брюшного тифа, холеры, дизентерии, оспы, детских инфекций, малярии, гриппа и др. Вопросами борьбы с эпидемиями Русское общество занималось на протяжении всей своей деятельности.

Среди болезней, производивших колоссальные опустошения в стране и в армии, большое место занимал сыпной тиф. Для изучения причин распространения эпидемии сыпного тифа Русским обществом была организована комиссия, в состав которой вошли: Н.Ф.Здекауер, И.Е.Андреевский, А.П.Бородин, А.П.Доброславин, Э.Ф.Шперк и другие. Комиссия пришла к выводу, что распространению тифа способствовало повышение цен на «главные жизненные припасы», скученность населения, затруднённый приём в больницах и занос инфекции с театра военных действий. Одной из важных причин, способствовавших распространению эпидемии сыпного тифа, комиссия считала возврат из больниц вещей больных и умерших без предварительной дезинфекции, а также перенос церковного покрова из дома в дом, от одного умершего к другому. В качестве руководства по дезинфекции  комиссия рекомендовала записку «По вопросу о дезинфекции», составленную профессорами медико-хирургической академии А.П.Бородиным и А.П.Доброславиным.

Одной из главных причин чрезвычайно высокой детской смертности в России в XIX веке были эпидемии дифтерии и скарлатины. Дифтерия, эпидемии которой поражали главным образом южные губернии России, сопровождалась большой летальностью, достигавшей иногда 50 и 60% смертности. Русское общество взяло на себя инициативу по выработке единого плана действий борьбы с эпидемией дифтерии, охватившей в 1879 г. 15 губерний Юга России. Деятели Русского общества стремились привлечь к участию в борьбе с эпидемией дифтерии и население, научить крестьян ухаживать за больными, проводить примитивную дезинфекцию и т.д.

По данным медицинского департамента, только за десятилетие (с 1863 по 1872 год) в России заболело оспой 115 576 человек и умерло 22 819. Оспа регулярно отмечалась в России вплоть до 1917 года. Борьбе с оспой мешало отсутствие закона об обязательном оспопрививании. Русское общество взяло на себя задачу обучения оспопрививанию сестёр, фельдшеров, студентов-медиков, а также выработало рекомендации по правильному получению оспенного детрита. Русское общество проявило инициативу в организации 100-летнего юбилея вакцинации и издания русского перевода сочинения Дженнера с его биографией и портретом. В 1896 году Золотую медаль получила книга В.О. Губерта «Оспа и оспопрививание», изданная Русским обществом охранения народного здравия. На международном конкурсе в Лондоне, где было представлено 127 сочинений, этой книге также была присуждена первая Премия в 1000 фунтов стерлингов и Большая золотая медаль, как лучшей работе к столетию оспопрививания.

Среди эпидемических болезней XIX века холера занимала особое место. В борьбе с эпидемиями холеры совершенствовались противоэпидемические мероприятия и формировались эпидемиологические взгляды русских врачей. В 1904 году при первых признаках приближающейся эпидемии Русское общество охранения народного здравия приступило к выработке противоэпидемических мероприятий. Оно взяло на себя организацию борьбы с эпидемией холеры в Петербурге, где имела место большая вспышка в результате плохого водоснабжения и общего антисанитарного состояния города. Общество исходило из положения, что к борьбе с холерой надо привлечь всё население.

Особого внимания в борьбе с холерой требовало снабжение населения доброкачественной питьевой водой. Поэтому комиссией был предложен бесплатный отпуск кипятка и чая для бедных жителей столицы в организованных для этой цели специальных бараках. Такие бараки были устроены в тех районах города, где сосредоточивалась основная масса сезонных рабочих. В целях более конкретной помощи обеспечения населения доброкачественной водой Русским обществом в различных частях города были расставлены бочки с кипячёной водой: в день раздавалось до 8000 вёдер кипячёной воды, кроме этого, была широко организована раздача чая и сахара.

Обществом проводилась широкая санитарно-просветительная работа по профилактике холеры — лекции, плакаты, выставки. Обществом была издана популярная брошюра «Как уберечь себя и других от холеры» тиражом 20 000 экземпляров.

Несмотря на открытие возбудителя сибирской язвы ещё в 1850 году и введение вакцинации это заболевание в России не переставало вызывать большие потери скота, а также заболевания людей.

В 1880-1881 годах в обществе разбирались вопросы предупреждения распространения сибирской язвы в Петербурге. В образованную обществом рабочую комиссию вошли видные учёные: физиолог Ф.В. Овсянников, терапевт Н.Ф. Здекауер, гигиенист А.П. Доброславин и др. Комиссией изучалось санитарное состояние фабрик, заводов и ремесленных мастерских, обрабатывающих щетину и волосы. Результатом работы комиссии явился «проект обязательных постановлений и мероприятий против распространения сибирской язвы в городе Петербурге по отношению к заводам, фабрикам, обрабатывающим кожу, шерсть, волос и пр.»

Выработка этого проекта послужила толчком к проведению городской думой санитарных мероприятий против заразных болезней.